夺回了译码器之后，艾萨克和卡沃尔或许可以根据塞拉诺在两百年前给出的步骤，一举消灭”尸变体“。关键在于使”远古机器“完工，而不是关闭它。
接下来继续前进，在一处布满神印的大厅遭遇大量变异体袭击，包括忍者变异体、潜伏者、与大型外星变异体，需要玩家艾萨克使用多种技能的搭配组合方可抵御。
在此处需要将三处遗迹柱上的相对应图案与中间支柱上的图案相对应（详情可参考阿甘自作的视频攻略），方可使它们之间的能量能够相互传递，这样才能开启新的大门，注意这里将遭遇大量敌人的袭击，利用地上的光圈增强技能对付之，从电梯上去后使用译码器开启第一处机器开关。随后又是根据大门上的图案调整前面柱子形状，飞行战斗、安装第二处译码器，由于重复所以阿甘就不在这里细说了！
使用译码器开启两处开关后返回之前的大厅，发现大门已经关闭，需要重新找回并安装与图案相对应的外星电池方能通过，此时统一教的援兵已经抵达，所以此处敌人多为统一教徒，战斗起来也显得很简单了，电池在左、中、右三个方向，左侧路上的挡板可以使用念力移动拿开。
随后又是锁降，左、中、右三个方向均有白色火焰，看准时机躲避即可避免伤害，使用静滞物体技能控制齿轮后可顺利通过。
艾萨克与卡沃尔历经险阻终于来到最后一处开关处，但没想到的是丹尼克劫持了死里逃生的艾莉，并以为作为交换译码器的筹码，最终卡沃尔给了丹尼克译码器，在丹尼克关闭掉远古机器的开关后，尸变体卫星苏醒，丹尼克也被坠下来的石柱砸死，为了拯救人类，艾萨克让艾莉先行逃生，而艾萨克与卡沃尔前去消灭尸变体卫星，他们是人类最后的希望。
